Biogeografi dan ekologi
Pada tahun 1872, atas desakan dari banyak temannya seperti Darwin, Philip Lutley Sclater, dan Alfred Newton, Wallace memulai penelitian untuk suatu tinjauan umum dari penyebaran geografis hewan. Ia awalnya tidak mampu membuat banyak kemajuan, sebagian dikarenakan sistem klasifikasi banyak jenis hewan pada saat itu berubah-ubah. Ia melanjutkan penelitiannya dengan sungguh-sungguh pada tahun 1874 setelah publikasi sejumlah karya baru mengenai klasifikasi. Dengan memperluas sistem yang dikembangkan oleh Sclater bagi burung — yang mana membagi bumi menjadi enam kawasan geografis terpisah untuk mendeskripsikan penyebaran spesies — agar dapat mencakup mamalia, reptil dan serangga, Wallace menciptakan dasar bagi konsep kawasan zoogeografis yang masih digunakan sampai saat ini. Ia membahas semua faktor yang diketahui mempengaruhi penyebaran geografis hewan pada masa lampau dan sekarang dalam masing-masing kawasan geografis.
Ini mencakup dampak dari
kemunculan dan lenyapnya jembatan-jembatan daratan (salah satunya yaitu
yang saat ini menghubungkan Amerika Utara dan Amerika Selatan) dan dampak dari meningkatnya periode glasiasi. Ia menyajikan peta-peta yang memperlihatkan berbagai faktor, seperti ketinggian pegunungan, kedalaman lautan, dan karakter vegetasi regional, yang mempengaruhi penyebaran hewan. Ia juga meringkas semua familia dan genera
yang diketahui dari hewan-hewan yang tingkatannya lebih tinggi, serta
mencatat sebaran-sebaran geografisnya yang dapat diketahui. Teks
tersebut diatur sedemikian rupa sehingga memudahkan penjelajah untuk
mempelajari hewan apa yang dapat ditemukan dalam suatu lokasi tertentu.
Karya dalam dua jilid ini, yaitu The Geographical Distribution of Animals, diterbitkan pada tahun 1876 dan berperan sebagai teks definitif seputar zoogeografi sampai dengan 80 tahun setelahnya.
Dalam buku ini Wallace tidak membatasi dirinya pada biogeografi dari
spesies yang masih ada, tetapi juga memasukkan bukti dari rekaman fosil
untuk membahas proses evolusi dan migrasi yang telah menyebabkan
penyebaran geografis spesies hewan modern. Sebagai contohnya ia membahas
bagaimana bukti fosil menunjukkan bahwa tapir berasal dari Belahan Utara, bermigrasi antara Amerika Utara dan Eurasia dan kemudian, jauh di kemudian hari, baru-baru ini menuju Amerika Selatan
yang mana setelah itu membuat spesiesnya di utara menjadi punah,
sehingga menyisakan sebaran modern dari dua kelompok tapir yang
terisolasi di Amerika Selatan dan Asia Tenggara.
Wallace menaruh minat dan sangat menyadari adanya kepunahan megaufauna secara massal pada kala Pleistosen Akhir. Dalam The Geographical Distribution of Animals
(1876) ia menulis, "Kita hidup dalam suatu dunia yang miskin secara
zoologi, di mana semua bentuk yang paling besar, dan paling ganas, serta
paling aneh telah menghilang baru-baru ini."
Ia menambahkan keyakinannya bahwa penyebab yang paling mungkin dari
kepunahan cepat tersebut adalah glasiasi, tetapi pada saat ia menulis World of Life (1911) ia sampai pada keyakinan bahwa kepunahan itu "karena intervensi manusia".
Pada tahun 1880 Wallace menerbitkan buku berjudul Island Life sebagai kelanjutan dari The Geographical Distribution of Animals.
Dalam buku tersebut ia menuliskan pengamatannya terkait penyebaran
spesies hewan maupun tumbuhan di pulau. Wallace mengklasifikasikan pulau
menjadi tiga jenis yang berbeda. Pulau-pulau samudra, seperti Kepulauan Galápagos dan Hawaii (kemudian dikenal sebagai Kepulauan Sandwich), terbentuk di tengah samudra dan tidak pernah menjadi bagian dari salah satu benua besar.
Pulau-pulau seperti itu ditandai dengan kurang lengkapnya amfibi
dan mamalia darat, serta para penghuninya (selain burung-burung migran
dan spesies yang dibawa manusia) pada umumnya merupakan hasil dari kolonisasi yang terjadi secara kebetulan dan evolusi selanjutnya. Ia membagi pulau-pulau kontinental
menjadi dua kelas terpisah tergantung pada apakah suatu pulau belum
lama menjadi bagian dari suatu benua (seperti Britania) atau lebih lama
sebelumnya (seperti Madagaskar)
dan membahas bagaimana perbedaan tersebut berdampak pada flora dan
fauna.
Ia berbicara mengenai bagaimana isolasi berpengaruh pada evolusi
dan bagaimana hal tersebut dapat mengakibatkan kelestarian berbagai
kelas hewan, misalnya saja lemur
Madagaskar yang mana merupakan sisa-sisa dari fauna kontinental yang
pernah tersebar luas. Ia secara ekstensif membahas bagaimana perubahan iklim, khususnya periode glasial
yang meningkat, mungkin berdampak pada penyebaran flora dan fauna di
beberapa pulau, dan bagian pertama buku tersebut membahas kemungkinan
penyebab zaman es yang besar ini. Island Life
dianggap sebagai sebuah karya yang sangat penting pada saat
diterbitkannya. Karya tersebut dibahas secara mendalam di kalangan
ilmiah baik dalam ulasan-ulasan yang dipublikasikan maupun korespondensi
pribadi.